儿童呼吸专科 下设四个亚专业：儿童哮喘专业、儿童纤维支气管镜介入专业、儿童睡眠呼吸障碍专业、儿童呼吸免疫专业。拥有儿童肺功能室儿童睡眠监测室、儿童纤维支气管镜室等，主要诊治疾病范围：肺炎、肺不张、支气管哮喘、支气管扩张、肺含铁血黄素沉着症、闭塞性细支气管炎、先天性支气管肺畸形、气管支气管狭窄、胸腔疾患、慢性肺病、间质性肺病、儿童睡眠呼吸障碍性疾病以及儿童呼吸系统罕见疑难疾病等。科室率先在湖北省内开展儿科纤维支气管镜检查及介入治疗技术，拥有一支强大的纤维支气管镜介入技术团队，对难治性肺炎、肺不张、难治性咳嗽和喘息、气管支气管异物的诊疗在省内处于领先地位。

  儿童重症医学科 是华中地区最早成立的专科PICU，现拥有国际国内一流的危重症抢救设施，包括顶级监护系统、呼吸机、血液净化仪及各种便携检查检验设备等。主要收治儿童各种危重症，如脓毒症，重症肺炎，休克，各种危象，中毒及意外，抽搐昏迷，各器官功能衰竭等，同时接受湖北省内各种危重症患儿转诊，能有效的对各种疾病导致的急危重症进行救治，总救治成功率达99%。

  儿童肾脏风湿免疫专科 主要诊治各种免疫缺陷病，反复呼吸道感染，难治性肾脏疾病、儿童风湿性疾病，并设有肾病综合征、血尿、夜遗尿、川崎病、过敏性紫癜、免疫缺陷病早期筛查等特色门诊。

  儿童消化科 诊治疾病包括慢性腹痛、胃食道反流、慢性胃炎、消化性溃疡、幽门螺旋杆菌感染、小儿消化道出血、小儿急性腹泻、迁延性慢性腹泻病、坏死性小肠结肠炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病、功能性消化不良、再发性呕吐、功能性便秘、食物过敏性胃肠病、各种肝脏疾病、胆汁淤积症、胰腺炎、腹膜炎、以及消化系统疾病的营养治疗等。开展的技术包括常规电子胃镜检查、电子结肠镜检查、结肠息肉摘除、消化道出血止血、消化道异物钳取、胃扭转复位、消化内镜下置管术、经皮肝穿刺技术等。

  儿童血液肿瘤专科 收治常见血液系统专科疾病，如各种原因引起的贫血、出血性疾病、白细胞减少症、噬血细胞综合征、白血病、再生障碍性贫血等。开展了骨髓穿刺及活检术、对各种贫血、出血性疾病能做出准确的病因诊断及有效的治疗，对白血病及恶性肿瘤能做到准确诊断及分型，根据疾病分型做到个体化分层治疗。

  儿童心血管专科 诊疗介入治疗即不手术治疗小儿先天性心脏病，如房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉瓣狭窄、肺动静脉瘘、冠状动脉瘘等;同时对后天获得性心脏病，如心肌炎、扩张性心肌病、心内膜弹力纤维增生症、风湿性心脏病、川崎病心血管损害、心律失常及儿童血管迷走性晕厥等有丰富的诊疗经验。

  儿童内分泌遗传代谢科 在儿童矮小症、性早熟、先天性肾上腺皮质增生症、糖尿病、肥胖、代谢综合征、甲状腺疾病、骨代谢异常、尿崩症、多种垂体激素缺乏症、性发育异常等疾病的诊治方面有丰富的经验。

  儿童过敏门诊 为国内首家标准过敏门诊，主要针对过敏性哮喘合并鼻炎上下气道共同管理、食物过敏、慢性咳嗽的诊断，可开展食管24小时PH监测+阻抗测量技术、体内体外过敏原检测，如特异性IgE检测、新鲜食物点对点点刺试验、食物回避、口服食物激发试验、皮肤斑贴试验等，开展特异哮喘合并鼻炎雾化治疗、特异性免疫治疗、副鼻窦置换治疗，还兼顾食物过敏、药物过敏引起的慢性湿疹和慢性荨麻疹的免疫治疗等。